アプリケーションサービス

 本センターの大規模科学計算システムではアプリケーションサービスとして以下のアプリケーションをサービスしています。

 オープンソースソフトウェア(OSS)の使い方については,それぞれのソフトのマニュアルや開発元情報などを参照してください。

サブシステムAOBA-A

Quantum Espresso

https://www.quantum-espresso.org

6.3

pw.xのみの提供です。

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・shの場合

#!/bin/sh
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q sx --venode=1
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 /mnt/stfs/ap/QE/SX/6.3/bin/pw.x -i scf.in

・cshの場合

#!/bin/csh
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q sx --venode=1
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 /mnt/stfs/ap/QE/SX/6.3/bin/pw.x -i scf.in

サブシステムAOBA-B

Gaussian16

https://gaussian.com

フロントエンドサーバ(front1/front2)にログイン後,subg16 コマンドにキュー名:lx と利用ノード数:1(固定),および入力プログラム名(例ではe2-01.com)を指定することにより,バッチリクエストとして実行が行われます。

最大並列数は128,最大メモリは256GBです。

front$ subg16 -q lx -b 1 e2-01

GRRM17

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

GRRMは,NPO法人 量子化学探索研究所 (https://iqce.jp/)で開発される反応経路自動探索プログラムです。利用の方法,最新情報については https://iqce.jp/GRRM/ をご参照ください。

サイバーサイエンスセンターの計算機での実行方法については以下の資料をご参照ください。

OpenFOAM

v2106

OpenCFD https://www.openfoam.com

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/OpenFOAM/v2106/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・OpenFOAM実行文・・・

9

The OpenFOAM Foundation https://openfoam.org

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/OpenFOAM/9/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・OpenFOAM実行文・・・

Quantum Espresso

https://www.quantum-espresso.org

6.8

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/QE/LX/6.8/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・Quantum Espresso実行文・・・

MATLAB(バッチジョブ実行)

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

全てのToolboxが利用可能

1ノード内実行

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

最大並列数は128,最大メモリは256GBです。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
cd $PBS_O_WORKDIR

matlab –batch test #functionとして作成したtestを実行

Parallel Serverによる複数ノード実行

フロントエンドサーバ

Mathematica

東北大学所属の教職員・学生のみ利用可能

GUI版起動コマンド(ローカルPCにX環境の設定とX接続が必要です)

front$ mathematica

CUI版起動コマンド

front$ math

MATLAB(対話型実行)

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

全てのToolboxが利用可能

GUI版起動コマンド(ローカルPCにX環境の設定とX接続が必要です)

front$ matlab

CUI版起動コマンド

front$ matlab –nojvm –nosplash –nodesktop -nodisplay

Gaussian,GaussViewサイトライセンス

 東北大学ではGaussianおよびGaussViewのサイトライセンスを取得しており、東北大学内のコンピュータにインストールすることができます。東北大学所属の教職員または学生の利用が可能です。
 インストールに必要な情報をお知らせしますので、利用を希望される方はサイトライセンス利用申請書作成フォーム(東北大学内からのみアクセス可能)でPDFファイルを作成し、押印(またはサイン)の上、共同利用支援係(uketuke[at]cc.tohoku.ac.jp)までメール添付でご送付ください。
 なお、申請には東北大メール(Gmail)アドレスが必要です。

サイトライセンス利用申請書作成フォーム (東北大学内からのみアクセス可能)

動作環境については以下のページをご覧下さい。
 https://gaussian.com/

RISTが整備しているアプリケーションソフトウェア

アプリケーションソフトウェアの詳細についてはこちらをご参照下さい。

サブシステムAOBA-B

材料バイオ分野

  • ABINIT-MP ABINIT-MPは、フラグメント分子軌道(FMO)計算を高速に行えるソフトウェアです。専用GUIのBioStation Viewerとの連携により、入力データの作成~計算結果の解析が容易に行えます。4体フラグメント展開(FMO4)による2次摂動計算も可能です。
  • PHASE/0 PHASE/0は、密度汎関数理論に基づく擬ポテンシャル法による平面波基底の第一原理電子状態計算プログラムです。全エネルギー、電荷密度分布、電子の状態密度、バンド構造、安定な原子構造などの計算ができます。
  • GENESIS GENESISは、超並列分子動力学計算ソフトウェアです。独自の計算アルゴリズムを用いて、並列計算を高効率化し、細胞環境を想定した1億個の原子で構成される系に対して、高速なシミュレーションが可能です。生体分子の運動を1分子レベルから細胞レベルまでの幅広い空間スケールで解析できます。
  • MODYLAS オープンソース(ライセンス許可制)の汎用古典分子動力学アプリケーションソフトウェアです。長距離静電相互作用の高速多重極展開法(FMM)による取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法に対応しています。高効率な並列計算が可能です。
  • NTChem Gauss型基底に基づいた量子化学計算アプリケーションソフトウェアです。多くのユーザーに使っていただけるよう、様々な量子化学計算手法や機能が利用できます。大規模な分子に対して高効率な並列計算が可能です。
  • SALMON オープンソースの光と物質の相互作用をターゲットにした第一原理計算アプリケーションソフトウェアです。時間依存密度汎関数理論に基づく実時間・実空間グリッド法を用いた光励起電子ダイナミクスや光伝搬のシミュレーションが可能です。
  •  オープンソースの数値厳密対角化法による有効模型ソルバーパッケージです。広汎な多体量子系の有効模型(多軌道ハバード模型、ハイゼンベルグ模型、近藤格子模型など)の基底状態及び低励起状態や励起スペクトル、有限温度における熱力学量を並列計算により求めることができます。
  • OpenMX オープンソースの第一原理計算アプリケーションソフトウェアです。原子局在基底と擬ポテンシャルを用いて、結晶・界面・溶液などの広範な物理系に対して電子状態計算を行います。
  • SMASH オープンソースの量子化学計算アプリケーションソフトウェアです。高速かつ高効率な並列計算手法により、ナノサイズ分子を分割せずにHartree-Fock法、DFT法、MP2法でエネルギーや構造最適化計算を実行することが可能です。

CAE分野

  • FrontFlow/blue FrontFlow/blueは、非圧縮流体の非定常流動を高精度に予測可能なLarge Eddy Simulation(LES)に基づいた汎用流体解析コードです。形状適合性に優れた有限要素法による離散化を採用し、ファン/ポンプ等の流体機械や複雑形状周りの非定常乱流解析および流れから発生する騒音の予測が可能です。
  • FrontISTR FrontISTR(フロントアイスター)は、WindowsやLinuxのPCクラスタをはじめ、京などの超並列スパコンにも対応可能なオープンソースの構造解析ソルバーです。
東北大学サイバーサイエンスセンター
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