アプリケーションサービス

 本センターの大規模科学計算システムではアプリケーションサービスとして以下のアプリケーションをサービスしています。

 オープンソースソフトウェア(OSS)の使い方については,それぞれのソフトのマニュアルや開発元情報などを参照してください。

サブシステムAOBA-A

Quantum Espresso

https://www.quantum-espresso.org

6.3

pw.xのみの提供です。

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・shの場合

#!/bin/sh
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q sx --venode=1
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 /mnt/stfs/ap/QE/SX/6.3/bin/pw.x -i scf.in

・cshの場合

#!/bin/csh
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q sx --venode=1
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 8 /mnt/stfs/ap/QE/SX/6.3/bin/pw.x -i scf.in

サブシステムAOBA-B

Gaussian16

https://gaussian.com

フロントエンドサーバ(front1/front2)にログイン後,subg16 コマンドにキュー名:lx と利用ノード数:1(固定),および入力プログラム名(例ではe2-01.com)を指定することにより,バッチリクエストとして実行が行われます。

最大並列数は128,最大メモリは256GBです。

front$ subg16 -q lx -b 1 e2-01

GRRM17

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

GRRMは,NPO法人 量子化学探索研究所 (https://iqce.jp/)で開発される反応経路自動探索プログラムです。利用の方法,最新情報については https://iqce.jp/GRRM/ をご参照ください。

サイバーサイエンスセンターの計算機での実行方法については以下の資料をご参照ください。

OpenFOAM

v2106

OpenCFD https://www.openfoam.com

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/OpenFOAM/v2106/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・OpenFOAM実行文・・・

8

The OpenFOAM Foundation https://openfoam.org

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/OpenFOAM/8/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・OpenFOAM実行文・・・

Quantum Espresso

https://www.quantum-espresso.org

6.7

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

・ジョブスクリプトファイル例

#!/bin/sh
#PBS -T intmpi
#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
source /usr/ap/etc/QE/LX/6.7/config.sh
cd $PBS_O_WORKDIR

・・・Quantum Espresso実行文・・・

MATLAB(バッチジョブ実行)

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

全てのToolboxが利用可能

1ノード内実行

ジョブスクリプトファイルを記述して,qsubコマンドでリクエストを投入して下さい。

最大並列数は128,最大メモリは256GBです。

スクリプトファイルのオプションについては以下のページをご参照ください。

#PBS -l elapstim_req=24:00:00
#PBS -q lx -b 1
cd $PBS_O_WORKDIR

matlab –batch test #functionとして作成したtestを実行

Parallel Serverによる複数ノード実行

フロントエンドサーバ

Mathematica

東北大学所属の教職員・学生のみ利用可能

GUI版起動コマンド(ローカルPCにX環境の設定とX接続が必要です)

front$ mathematica

CUI版起動コマンド

front$ math

MATLAB(対話型実行)

学術目的での利用(非商用利用)のみ可能

全てのToolboxが利用可能

GUI版起動コマンド(ローカルPCにX環境の設定とX接続が必要です)

front$ matlab

CUI版起動コマンド

front$ matlab –nojvm –nosplash –nodesktop -nodisplay

Gaussian,GaussViewサイトライセンス

 東北大学ではGaussianおよびGaussViewのサイトライセンスを取得しており、東北大学内のコンピュータにインストールすることができます。東北大学所属の教職員または学生の利用が可能です。
 インストールに必要な情報をお知らせしますので、利用を希望される方はサイトライセンス利用申請書作成フォーム(東北大学内からのみアクセス可能)でPDFファイルを作成し、押印(またはサイン)の上、共同利用支援係(uketuke[at]cc.tohoku.ac.jp)までメール添付でご送付ください。
 なお、申請には東北大メール(Gmail)アドレスが必要です。

サイトライセンス利用申請書作成フォーム (東北大学内からのみアクセス可能)

動作環境については以下のページをご覧下さい。
 https://gaussian.com/

東北大学サイバーサイエンスセンター
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