FAQ：プログラム実行時に libmkl_*.so.2 のエラーが出て実行できない

1. 対象となる症状・エラーメッセージ

これまで正常に動作していたプログラムを実行した際に、
以下のような共有ライブラリの読み込みエラーが出力され、プログラムを実行できない場合があります。

error while loading shared libraries: libmkl_core.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

上記のように、libmkl_core.so.2、libmkl_sequential.so.2、または libmkl_intel_lp64.so.2 などの共有ライブラリが見つからない（cannot open shared object file: No such file or directory）というエラーが出力されます。

  • 現在確認されている主な対象アプリケーション：GROMACS（2025.1 等）、OpenMX（3.9.9 等）、GENESIS（2.1.6 等）、Quantum ESPRESSO（pw.x）など

2. 原因について

2026年8月末のシステムアップデートに伴い、システム標準の Intel oneAPI が 2026.1.0 に更新され、
数値計算ライブラリ oneMKL の共有ライブラリファイル名が .so.2 から .so.3（libmkl_core.so.3、libmkl_sequential.so.3、libmkl_intel_lp64.so.3 など）へ変更されました。

旧バージョンの環境でビルドされた一部のアプリケーションは .so.2 ファイルを直接参照するため、
標準の oneAPI 環境を読み込むとライブラリが見つからずエラーが発生します。

3. 解決方法

/mnt/stfs/comp/ 配下に用意されている旧バージョンの「Intel oneAPI 2025.3」環境へ切り替えることで、
正常に実行できるようになります。
ジョブスクリプト内の oneAPI 環境読み込み行を以下のように書き換えて、ジョブを再投入してください。

変更前：

source /opt/oneapi/setvars.sh intel64

変更後：

#source /opt/oneapi/setvars.sh intel64
source /mnt/stfs/comp/oneapi2025.3/setvars.sh intel64

4. よくある質問 (Q&A)

Q1：自分のホームディレクトリでビルド（make）したプログラムでも同じ libmkl_*.so.2 エラーが出るのですが、同じ方法で解決できますか？
A1：はい、解決可能です。
そのプログラムを make した際に使用した旧バージョンの oneAPI の環境設定ファイル（例：source /mnt/stfs/comp/oneapi2025.3/setvars.sh intel64）をジョブスクリプト内で読み込んで実行してください。

Q2：csh / tcsh のジョブスクリプト（#!/bin/csh）を利用している場合はどうすればよいですか？
A2：旧バージョンの環境設定スクリプト（/mnt/stfs/comp/oneapi2025.3/setvars.sh）は bash 専用のため、csh では読み込めません。
以下のマニュアルをご参照の上、ログインシェルを /bin/bash へ変更し、ジョブスクリプトも bash 形式へ修正してから再投入してください。